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Der Sarkissian Clio

Clio Der Sarkissian
Position Marie Skłodowska-Curie post-doctoral fellow
E-mail address : clio.dersarkissian@univ-tlse3.fr
Phone number : +33 5 61 14 55 03

Research Topics
My main research interests focus on using ancient DNA from mollusc shells to investigate the impact of environmental changes on marine communities. Relying on mollusc, microbial and environmental DNA recovered from shells, I am interested in reconstructing the evolutionary and demographic trajectories of molluscs, temporal changes in marine environments and microbial communities, as well as the genetic history of microbial diseases. This work also finds applications in archaeological studies, endangered species conservation, invasive species monitoring, and aquaculture management.

Current Research/Ongoing research
In my on-going projects, I use high-throughput DNA sequencing and metagenomic techniques to analyse ancient shells collected from archaeological sites (e.g., shell middens), sediment cores, and museum collections. My objective is to estimate past changes in the geographical distribution and effective population size of molluscs, characterize their ancient admixture and/or hybridization patterns, and track their genomic adaptive processes. Another aim of my current work is to follow the dynamics of the taxonomic and functional diversity of marine microbial communities, and to detect potential pathogens. My research activities are also oriented towards the characterisation of DNA content and preservation in carbonate shells, and I am developing and applying molecular and computational methods to improve DNA extraction from shells and metagenomic analyses of (highly-) degraded biomolecules from non-model organisms.

Academic background and Research Experiences
2014-2017 : Assistant Professor in (Ancient) Genomics and Metagenomics, Centre for GeoGenetics, Natural History Museum of Denmark, University of Copenhagen, Denmark
2012-2014 : Post-doctoral researcher in (Ancient) Genomics and Metagenomics, Centre for GeoGenetics, Natural History Museum of Denmark, University of Copenhagen, Denmark
2008-2011 : PhD in ancient human population genetics, Australian Centre for Ancient DNA, School of Earth and Environment Sciences, University of Adelaide, Australia
2006-2007 : Research Masters in Industrial Microbiology and Biocatalysis, University Paul Sabatier Toulouse 3, France
2002-2007 : Degree in Biochemical Engineering, Institut National des Sciences Appliquées de Toulouse, France

Selected articles

Der Sarkissian C, Pichereau V, Dupont C, Ilsøe PC, Perrigault M, et al. (2017) Ancient DNA reveals marine mollusc shells as new metagenomic archives of the past. Molecular Ecology Resources. 17, 835-853.

Der Sarkissian C, Louvel G, Hanghøj K, Orlando L (2016) metaBIT, an integrative and automated metagenomic pipeline for analysing microbial profiles from high-throughput sequencing shotgun data. Molecular Ecology Resources. 16, 1415-1427

Librado P, Der Sarkissian C, Ermini L, Schubert M, Jónsson H, et al. (2015) Tracking the origins of Yakutian horses and the genetic basis for their fast adaptation to subarctic environments. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 112, E6889-6897.

Der Sarkissian C, Ermini L, Schubert M, Yang MA, Librado P et al. (2015) Evolutionary Genomics and Conservation of the Endangered Przewalski’s Horse. Current Biology, 25, 2577–2583.

Der Sarkissian C, Allentoft ME, Ávila-Arcos MC, Barnett R, Campos PF, et al. (2015) Ancient genomics. Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences, 370, 20130387.

Der Sarkissian C, Balanovsky O, Brandt G, Khartanovich V, Buzhilova A,et al. (2013) Ancient DNA reveals prehistoric gene-flow from Siberia in the complex human population history of North East Europe. PLoS genetics, 9, e1003296.

Web Links
https://www.researchgate.net/profile/Clio_Der_Sarkissian


Clio Der Sarkissian
Statut - Organisme de rattachement Post-doctorante Marie Skłodowska-Curie
E-mail : clio.dersarkissian@univ-tlse3.fr
Téléphone : +33 5 61 14 55 03

Thématiques de recherche
Ma principale thématique de recherche est axée sur l’utilisation de l’ADN ancien des coquilles de mollusques pour étudier l’impact des changements environnementaux sur les communautés marines. Les coquilles contiennent l’ADN des molllusques, mais aussi des microbes et de l’environnement, permettant de reconstruire les trajectoires évolutionnaires et démographiques des mollusques, les changements des environnments marins et des communautés microbiennes au cours du temps, ainsi que l’histoire génétique des maladies microbiennes. Ce travail peut aussi trouver des applications dans les domaines de l’archéologie, de la conservation des espèces menacées, du contrôle des espèces invasives et de la gestion des aquacultures.

Recherches actuelles
Mes travaux de recherche actuels reposent sur l’utilisation du séquençage ADN à haut-débit et des techniques de métagénomique pour analyser des coquilles anciennes prélevées au niveau de sites archéologiques (ex. amas coquillers), de carottes sédimentaires et de collections de musées. Mon objectif est d’évaluer les changements passés chez les mollusques en termes de distribution géographique et de taille effective de population, d’admixture et/ou d’hybridation anciennes et de processus d’adaptation génomique. Un autre objectif de mon travail est de suivre les dynamiques de la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés microbiennes marines et de détecter d’éventuels pathogènes. Mes activites de recherche sont aussi orientées vers la caracterisation de l’ADN et de sa conservation dans les coquilles carbonatées. Par ailleurs, je développe et applique des methods moléculaires et informatiques dans le but d’améliorer l’extraction d’ADN à partir de coquilles, ainsi que les analyses métagénomiques de biomolecules dégradées des organismes non-modèles.

Parcours de recherche
2014-2017 : Professeur Assistant en Génomique et Métagénomique anciennes, Centre for GeoGenetics, Museum d’Histoire Naturelle du Danemark, Université de Copenhague, Danemark
2012-2014 : Post-doctorante en Génomique et Métagénomique anciennes, Centre for GeoGenetics, Museum d’Histoire Naturelle du Danemark, Université de Copenhague, Danemark
2008-2011 : Doctorat en génétique des populations humaines anciennes, Australian Centre for Ancient DNA, École des Sciences de la Terre et de l’Environnement, Université d’Adélaïde, Australie
2006-2007 : Master Recherche Microbiologie et Biocatalyse Industrielles, Université Paul Sabatier Toulouse 3, France
2002-2007 : Diplôme d’Ingénieur en Génie Biochimique et Alimentaire, Institut National des Sciences Appliquées de Toulouse, France

Bibliographie

5 Articles sélectionnés

Der Sarkissian C, Pichereau V, Dupont C, Ilsøe PC, Perrigault M, et al. (2017) Ancient DNA reveals marine mollusc shells as new metagenomic archives of the past. Molecular Ecology Resources. 17:835-853.

Der Sarkissian C, Louvel G, Hanghøj K, Orlando L (2016) metaBIT, an integrative and automated metagenomic pipeline for analysing microbial profiles from high-throughput sequencing shotgun data. Molecular Ecology Resources. 16:1415-1427

Librado P, Der Sarkissian C, Ermini L, Schubert M, Jónsson H, et al. (2015) Tracking the origins of Yakutian horses and the genetic basis for their fast adaptation to subarctic environments. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 112, E6889-6897.

Der Sarkissian C, Ermini L, Schubert M, Yang MA, Librado PL et al. (2015) Evolutionary Genomics and Conservation of the Endangered Przewalski’s Horse. Current Biology, 25, 2577–2583.

Der Sarkissian C, Allentoft ME, Ávila-Arcos MC, Barnett R, Campos PF et al. (2015) Ancient genomics. Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences, 370, 20130387.

Der Sarkissian C, Balanovsky O, Brandt G, Khartanovich V, Buzhilova et al. (2013) Ancient DNA reveals prehistoric gene-flow from Siberia in the complex human population history of North East Europe. PLoS genetics, 9, e1003296.

Voir en ligne : Bibliographie / Publications
https://www.researchgate.net/profile/Clio_Der_Sarkissian