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Facilities | Infrastructures

par Ludovic Orlando - publié le , mis à jour le

Facilities | Infrastructures
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- Ancient DNA facilities

Our laboratory displays two fully-equipped ancient DNA facilities, each including anterooms for dressing with protective clean suits, masks, sleeves and gloves ; independent drilling rooms ; isolated DNA extraction rooms, and ; isolated pre-PCR rooms for constructing Illumina DNA libraries and/or preparing reaction prior to amplification. Equipments and design are state-of-the-art, and tailored to the stringent quality requirements for manipulating ancient and degraded DNA molecules. Our facilities includes strict decontamination procedures based on UV light exposure and positive air pressure. In addition to the ancient DNA facilities per se, disposable material and reagents are stored within dedicated rooms with restricted access. We also include large freezing capacities for long-term storage of both DNA extracts, non-amplified DNA libraries and subfossil material. In total, our ancient DNA facilities cover 100 square meters. While our ancient DNA facilities are mostly used internally, they can be opened to external collaborators, following a training period under strict supervision. For further information about the conditions for accessing our ancient DNA facilities, please contact Ludovic (ludovic.orlando@univ-tlse3.fr).

- Molecular Genetics

JPEG Our laboratory provides entirely-new and fully-equipped facilities designed for implementing standard techniques in molecular genetics. These include an isolated clean laboratory designed for DNA/RNA extraction ; an isolated pre-PCR room for constructing Illumina DNA libraries and/or preparing reaction prior to amplification ; a general molecular laboratory for purifying nucleic acids, quantifying their concentration, estimating size profiles of DNA/RNA extracts/constructs, and amplifying DNA. In addition to standard equipment, our molecular laboratory is equipped with high-speed centrifuges, incubators, thermocyclers (including one for real time quantification), one BioAnalyzer instrument, one TapeStation instrument, one BioRuptor sonication device and one minus 80C freezer. In total, our molecular genetics facilities cover 250 square meters, spread across 7 different rooms. Two touchdown rooms can be used as basic offices during long incubation times and similar lengthy experimental steps. The Ancient DNA facilities and the Molecular Genetics facilities are in two separate buildings, located within a two-minutes walking distance, in order to prevent carry-over contamination. JPEG

- High-Throughput DNA Sequencing

Our laboratory is equipped with an Illumina MiniSeq instrument, which can produce 30 millions of sequence pairs overnight in a cost-effective manner. This considerably augments our productivity as DNA libraries can be quality controlled soon after they have been constructed. This instrument also opens for in-house production of data from target enriched DNA libraries as well as for the sequencing of ampliconic DNA libraries, such as those derived from metabarcodes. The production of large genome sequence data at population scales is outsourced to our partners both at the GenoToul (GeT-PLAGE) platform and Genoscope, which are located in Toulouse and Evry, respectively.

JPEG These platforms offer access to a range of high-throughput DNA sequencing machines, including Illumina (HiSeq2500/3000/4000/X5, NovaSeq), PacBio (Sequel) and nanopore (MinION & PromethION) instruments. For further information about the conditions for accessing our MiniSeq instrument, please contact Andaine Seguin-Orlando (seguinorlando@gmail.com).

- Computational Facilities

Our laboratory is equipped with enhanced computing power, including an equivalent number of 600 CPUs, 2.3Tb of RAMs and 750Tb of disk storage. As a complementary calculation power, we have access to large computational clusters both at the University of Toulouse and Technical University of Denmark.



- Infrastructures pour l’ADN ancien

Notre laboratoire dispose de deux infrastructures entièrement équipées pour l’ADN ancien, chacune disposant d’antichambres pour se changer et mettre des vêtements de protection (blouses, masques, gants) ; de pièces indépendantes pour le broyage ; de salles isolées pour l’extraction d’ADN ; et de salles isolées de pre-PACR pour la construction des librairies ADN Illumina DNA et/ou la préparation de réaction avant amplification. L’équipement et la conception ont été pensés et réalisés dans les règles de l’art pour répondre aux exigences qualité strictes inhérentes à l’ADN ancien et aux molécules dégradées. Cela inclut des procédures strictes de décontamination basées sur une exposition à la lumière UV et une pression d’air positive. Outre ces infrastructures concernant l’ADN ancien lui-même, le matériel jetable et les réactifs sont stockés dans des pièces dédiées et à accès restreint. Nous disposons également de grandes capacités de stockage au froid pour la conservation à long terme des extraits ADN, des librairies ADN non amplifiées et pour le matériel sub-fossile. Au total, nos infrastructures pour l’ADN ancien occupent plus de 100 m².
Si nos infrastructures sont essentiellement utilisées d’une façon interne du laboratoire, elles peuvent être ouvertes à des collaborateurs extérieurs sous réserve d’une période de formation rigoureuse assurée par un de nos superviseurs. Pour plus d’information sur les conditions d’accès aux infrastructures ADN, merci de contacter Ludovic Orlando (ludovic.orlando@univ-tlse3.fr).

- Génétique moléculaire

JPEG Notre laboratoire dispose d’infrastructures entièrement neuves et équipées, autorisant l’implémentation de l’ensemble des techniques standard en génétique moléculaire. Cela inclut un laboratoire propre et isolé dédié à l’extraction d’ADN/ARN ; une pièce pre-PCR pour la construction des librairies ADN et/ou la préparation de réaction pre-amplification ; un laboratoire moléculaire général pour la purification des acides nucléiques, la quantification de leurs concentrations ; l’estimation de la taille des profils des ADN/ARN extraits ou construits ; et l’amplification de l’ADN. En plus des équipements standards, notre laboratoire est équipé de centrifugeuses grande vitesse, d’incubateurs, de thermocycleurs (incluant une machine PCR quantification en temps réel), d’une machine BioAnalyzer, d’une machine TapeStation, d’un appareil de sonication BioRuptor et d’un congélateur -80°C. Au total, notre infrastructure pour la génétique moléculaire occupe 250 m² répartis en 7 pièces distinctes Deux pièces d’accueil peuvent être utilisées comme bureaux pour les opérations nécessitant des temps d’incubation ou autres étapes nécessitant des temps longs. Les infrastructures en ADN ancien et en génétique moléculaire sont situées dans deux bâtiments distincts et physiquement séparés par deux minutes de marche afin d’éviter les risques de contamination.

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- Séquençage ADN haut-débit

Notre laboratoire est équipé d’un appareil MiniSeq Illumina qui peut produire plus de 30 millions de paires de séquences pendant la nuit à coût réduit. Ceci augmente considérablement notre capacité à produire rapidement des librairies ADN de haute qualité, la qualité de ces dernières pouvant être contrôlée dès leur production. Cet équipement permet également la production maison de données utilisant des librairies enrichies en ADN cible ; le séquençage par librairies ADN d’amplicons comme ceux dérivés des metabarcodes. Le séquençage des génomes complets à l’échelle des populations s’appuie sur d’autres ressources, notamment nos deux partenaires que sont la plateforme GenoToul (GeT-PLAGE) et le Genoscope respectivement localisés à Toulouse et Evry. Ces plateformes offrent l’accès à différentes machines de séquençage haut-débit incluant les appareils Illumina (HiSeq2500/3000/4000/X5, NovaSeq), PacBio (Sequel) et nanopore (MinION & PromethION).
Pour plus d’informations concernant les conditions d’accès à notre appareil MiniSeq merci de contacter Andaine Seguin-Orlando (seguinorlando@gmail.com).

- Infrastructures de calcul

Notre laboratoire est équipé d’un matériel informatique performant, d’une capacité de calcul équivalente à 600 CPUs, de 2.3Tb de RAMs et d’une capacité de stockage 750Tb de disque dur. Ce matériel est complétée par les clusters de calcul disponibles à l’Université de Toulouse et l’Université technique du Danemark.

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